对上海市本级和浦东（含原南汇）、徐汇、闸北等3个区保障性住房建设运营管理情况审计结果显示，截至2010年末，有17亿元房源差价款未明确用途，有5.84亿元的动迁安置房源差价款未纳入财政专户管理，有53套空置保障性住房被违规占用或出租，280套廉租房产权证上未注明“不得转让、抵押”。从2008至2010年，上海市保障性住房累计新开工建设3304万平方米，累计计划投资931.5亿元。

　　此外，沪上部分地区出现了在土地出让收支管理方面的不规范问题。据了解，上海有奉贤等两个区违反“收支两条线”的规定，将土地出让溢价收入直接分配给所属镇和开发区，奉贤区南桥镇将收到的土地出让溢价收入1.61亿元出借给企业用于经营性项目改扩建工程，将1亿元违规转入镇预算外资金账户购买大面额存单。共计有26.65亿元土地出让收入和土地整治资金，被通过虚列支出转移至预算外资金账户，或用于对外投资、行政事业经费等。

　　而浦东等2个区所属镇、工业区则出现了违规收费的行为，相关部门违规在土地出让合同价格外，向受让人再收费共计8743万元，作为镇财政或工业区所属开发公司收入。

　　而普陀区等两个区，则出现了少计提国有土地收益金等共计2.41亿元。上海市本级和奉贤等2个区，截至2010年末，未及时将耕地开垦费上缴财政或退还有关区（县）及用地单位，共计2.11亿元。

　　在土地储备成本控制方面，上海市审计局抽查10幅地块后发现，土地前期开发过程中不同程度存在虚列支出、多计成本和支出不规范等问题，涉及金额共计2.52亿元，占10幅土地前期开发投资决算总额的34.01%。